Селигер принимает 110 притоков (наиболее крупные — реки Крапивенка, Сорога и Серемуха), а из него вытекает лишь одна река Селижаровка. Озеро, лежащее на высоте 205 метров над уровнем моря, ледникового происхождения. Этим объясняется его своеобразная форма — это не озеро в привычном понятии, а скорее цепочка озёр, протянувшихся с севера на юг на 100 км и связанных между собой короткими узкими протоками. Береговая линия протяжённостью более 500 км отличается изрезанностью — поросшие лесом мысы, глубокие вдавшиеся в сушу живописные заливы, разнообразные по форме острова.
На Селигере насчитывается 24 плёса, самые большие — Полновский, Осташковский, Кравотынский, Селижаровский, Троицкий, Сосницкий, Нижнекотицкий и Березовский. Отдельные части озера носят самостоятельные названия: озёра Вясцо, Величко, Серемо, Глубокое, Долгое, Святое, Сватица и другие.
Первые упоминания о Селигере встречаются в русских летописях XII—XIII веков. В то время озеро, называвшееся чаще Серегер, входило в состав оживлённых путей Новгородской Земли. Эти передвижения по Селигеру прежде всего и отражены в летописях. Так, в 1199 году, в пути из города Новгород во Владимир, на Селигере скончался новгородский архиепископ Меркурий. Под 1216 годом сохранилось известие, что новгородцы «ходили Серегером на верх реки Волга».
Своё название Селигер получил от первых обитателей этого края — древних финнов. В переводе с финского Селигер толкуется как «озеро на волоке», «прозрачное озеро», «изрезанное озеро».
50-е гг. оставили в памяти Международный слет туристов. Он был проведен 5—6 августа 1957 г. в рамках программы Всемирного фестиваля молодежи, состоявшегося в Москве (Юнтов, 1958). 236 участников фестиваля — любителей путешествий из 24 стран собрались на туристской базе «Селигер». Каждая команда насчитывала в среднем 4—5 чел. Главным итогом Международного слета туристов стали дружеские контакты молодежи разных стран, знакомство с удивительным по красоте озером, расположенным в самом центре России, встречи с советскими людьми, гостеприимно, по-братски принимавшими посланцев из-за рубежа.